Le laboratoire Lilly a été fondé en 1876 à Indianapolis (dans le Midwest
des Etats-Unis) par le colonel Eli Lilly, spécialiste en chimie pharmaceutique, d´origine suédoise et vétéran de la guerre de Sécession.
Confronté à l´insuffisance des médicaments disponibles à l´époque - des produits mal préparés et souvent inefficaces - il décide de créer une société pour mettre à la disposition des malades des produits pharmaceutiques de la meilleure qualité possible, dispensés uniquement sur le conseil des médecins
Le succès de son entreprise est manifeste mais le colonel Lilly n´est pas satisfait des méthodes traditionnelles utilisées et souhaite développer ses médicaments selon des normes de qualité encore plus rigoureuses ; en 1886, il engage un jeune chimiste chargé d´exploiter et d´améliorer les techniques les plus récentes d´évaluation de la qualité.
Ensemble, ils posent les fondations de la tradition Lilly : une vocation d´abord axée sur la qualité des produits existants, et qui s’étend plus tard à la découverte et à la mise au point de nouveaux médicaments plus efficaces.
Plus tard, les savoir-faire et les méthodes de travail complémentaires des héritiers d´Eli Lilly seront à l´origine de la croissance de la société et contribueront à former une culture d´entreprise au sein de laquelle les collaborateurs sont considérés comme sa ressource la plus précieuse, un principe qui demeure aujourd´hui la pierre angulaire de la philosophie d´entreprise de Lilly.
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